Số lượng loài linh dương Thomson trong tự nhiên ước tính còn lại khoảng 550,000 cá thể. Số lượng của chúng đã giảm 60% kể từ năm 1978 tới năm 2005.[16] Hiểm họa chính với loài linh dương Thomson là những tác động tiêu cực của khách du lịch, thay đổi môi trường sống, cháy rừng, và việc mở các tuyến đường mới.[4] Những cuộc khảo sát gần đây đã cho thấy sự suy giảm đột ngột số lượng loài linh dương Thomson (60-70%) trong thời gian khoảng 20 năm từ cuối những thập niên 70 tại một số khu vực, bao gồm cả một số khu vực bảo tồn như Serengeti, Masai Mara, và Ngorongoro.[4]